在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…

星球在战之后的百年，白鸽岛一场简单的庆典。却引来了外星人争夺神秘石像的战争。毫无心理准备的白鸽岛顿时陷于惊慌失措之中。在现阶段的外星人统治下，原本相互为敌的几方人被迫在白鸽岛一起居住。外星人打着寻找自己各族隐匿在人类中的头叛徙的旗号，挑动人类相互怀疑残杀。而自己扮演一个救世主，从面而使人类在精神上屈服。在武力的胁迫下，无知的人们把自己的邻居——“外星人的叛徙”推上了断头台。少年天望，承受着同的屈辱，忍辱负重独闯阴阳之界去收集对付外星人的第七种元素，途中历尽生死磨难，灵魂与肉体倍受煎。在他的带领下，少年们与邪恶展开了殊死搏斗，以宝贵的生命，满腔的热血重塑了人类的尊严。

星球在战之后的百年，白鸽岛一场简单的庆典。却引来了外星人争夺神秘石像的战争。毫无心理准备的白鸽岛顿时陷于惊慌失措之中。在现阶段的外星人统治下，原本相互为敌的几方人被迫在白鸽岛一起居住。外星人打着寻找自己各族隐匿在人类中的头叛徙的旗号，挑动人类相互怀疑残杀。而自己扮演一个救世主，从面而使人类在精神上屈服。在武力的胁迫下，无知的人们把自己的邻居——“外星人的叛徙”推上了断头台。少年天望，承受着同的屈辱，忍辱负重独闯阴阳之界去收集对付外星人的第七种元素，途中历尽生死磨难，灵魂与肉体倍受煎。在他的带领下，少年们与邪恶展开了殊死搏斗，以宝贵的生命，满腔的热血重塑了人类的尊严。